关于“总公司收款分公司开票是否合法”的问题，这确实是一个涉及公司法、税法等多个法律领域的复杂问题。以下是我为您提供的详细分析：
一、合法性前提
公司法角度：
- 分公司作为总公司的分支机构，若已依法设立并领取营业执照，则在总公司授权范围内，分公司有权从事一定的经营活动，这包括收款和开票。但前提是，这些活动必须在总公司的明确授权下进行，且分公司不具备独立的法人资格，其民事责任最终由总公司承担。
- 若分公司仅为总公司的内设机构或办事处，未领取营业执照，则不具备直接收款和开票的法律资格。
税法角度：
- 税法要求发票的开具必须与实际的交易活动、款项支付等保持一致，即“三流合一”（合同流、资金流、发票流）。因此，总公司收款分公司开票的行为，必须确保与实际的业务交易相匹配。
- 分公司开票时，必须基于真实发生的、与总公司相关的经济业务，且发票内容需与实际业务相符。
二、具体操作要点
收款方面：
- 总公司应书面委托分公司代为收取款项，并明确委托收款的范围、期限等关键事项。
- 分公司在收款时，应确保款项最终归属总公司，且收款行为严格在总公司授权范围内进行。
开票方面：
- 若分公司与总公司位于同一县（市）且统一核算，分公司可以总公司名义开具发票。
- 若分公司与总公司不在同一县（市），则分公司代总公司收款开票需符合相关增值税规定，双方应分别向各自所在地主管税务机关申报纳税。
- 分公司开票时，必须确保有真实的业务基础，且发票内容与实际业务完全相符。
三、风险及注意事项
税务风险：
- 必须确保所有操作符合税务规定，避免被税务机关认定为虚开发票。虚开发票是严重的违法行为，可能面临税务行政处罚，甚至刑事犯罪。
- 应妥善保留相关业务合同、资金往来凭证、货物运输单据等资料，以证明业务的真实性。
法律文件完备性：
- 总公司与分公司之间的委托协议等法律文件应完备无缺，明确双方的权利义务。
- 在涉及第三方（如客户）时，应提供委托收款开票的相关证明文件，以避免引起误解或不必要的法律纠纷。
四、结论与建议
综上所述，总公司收款分公司开票在一定条件下是合法的，但具体实施时需综合考虑公司法、税法等多个方面的规定和要求。为确保合规性，我建议您企业在实施前咨询专业的法律或税务顾问，对具体的业务模式、合同条款等进行详细的审查和评估。同时，企业应建立健全的内部管理制度，确保收款和开票行为的真实性和合规性，以降低潜在的法律和税务风险。