关于父母的自建房不清楚是否违建，做公证是否有法律效力的问题，结论是：自建房公证的有效性取决于房屋本身的合法性。若房屋合法，公证则有效；若房屋违建，公证则无效。

一、自建房合法性对公证效力的影响

1. 合法自建房：

   • 如果父母的自建房是合法的，即符合当地规划、建设等相关法律法规，且房屋产权明确，没有被有关机构采取查封等财产保护措施，那么对该房屋进行公证是有效的。
   • 公证可以证明房屋的所有权归属、买卖意愿等法律事实，为后续的房屋流转、继承等提供法律保障。

2. 违建自建房：

   • 如果父母的自建房是违建的，即未取得相关建设许可或违反了当地规划、建设等法律法规，那么对该房屋进行公证是无效的。
   • 因为违建房屋本身就不具备合法的产权，公证无法改变其违建的性质，也无法为其提供合法的流转、继承等保障。

二、自建房买卖与公证的关系

• 在涉及自建房买卖时，除了房屋本身的合法性外，还需要满足一户一宅制度等要求。即买卖双方都需要满足一户一宅的原则，否则买卖行为将不成立，也就不能进行公证。
• 即使房屋合法且满足一户一宅制度，如果买卖双方未按照相关规定办理产权过户手续，仅凭公证也无法完成房屋的合法流转。

三、法律建议

1. 核实房屋合法性：

   • 在进行公证前，建议先核实父母的自建房是否合法。可以通过查询当地规划、建设等部门的档案或咨询专业律师来确认。

2. 办理相关手续：

   • 如果房屋合法且需要进行买卖、继承等法律行为，建议按照相关规定办理产权过户手续，并同时进行公证，以确保法律行为的合法性和有效性。

3. 咨询专业律师：

   • 如果对自建房的合法性或公证流程有疑问，建议咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和帮助，确保法律行为的顺利进行。

总结来说，自建房公证的有效性取决于房屋本身的合法性。在进行公证前，请务必核实房屋的合法性，并按照相关规定办理产权过户手续。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。